1. 一次性初始成本高

由于軟性PCB是為特殊應用而設計、制造的，所以開始的電路設計、布線和照相底版所需的費用較高。除非有特殊需要應用軟性PCB外，通常少量應用時，最好不采用。

2. 軟性PCB的更改和修補比較困難

軟性PCB一旦制成后，要更改必須從底圖或編制的光繪程序開始，因此不易更改。其表面覆蓋一層保護膜，修補前要去除，修補后又要復原，這是比較困難的工作。

3. 尺寸受限制

軟性PCB在尚不普的情況下，通常用間歇法工藝制造，因此受到生產設備尺寸的限制，不能做得很長，很寬。

4. 操作不當易損壞

裝連人員操作不當易引起軟性電路的損壞，其錫焊和返工需要經過訓練的人員操作。